Í Son Goku Vs Naruto verður þú að taka þátt í bardögum bláa liðsins og rauða liðsins. Eftir að hafa valið hlið átaksins muntu finna þig með liðinu þínu á byrjunarsvæðinu. Með því að nota stjórntakkana muntu láta hetjuna þína hreyfa sig um staðinn. Um leið og þú tekur eftir óvininum þarftu að ná honum í svigrúmið og opna skot til að drepa. Með því að skjóta nákvæmlega muntu eyðileggja andstæðinga þína og fyrir þetta færðu stig í leiknum Son Goku Vs Naruto.