Enginn bjóst vissulega við slíkum árekstrum. Allt gerðist aðeins vegna þess að sjóræningjarnir fóru að finna fyrir yfirburðum sínum og vildu ráðast á Japan. Til að takast á við óvini kom reyndasta Ninja út, sem veit ekki aðeins hvernig á að berjast, heldur einnig að skjóta byssurnar vel. Allur leikurinn verður frá tveimur hlutum þar sem þú þarft stöðugt að velja þá hlið sem þú munt rekja til.