Í Pokemon Battle Labyrinth munt þú leiða Pokemoninn þinn í gegnum sérsmíðað völundarhús þar sem hann getur bætt bardagahæfileika sína. Undir leiðsögn þinni mun Pokemon fara í gegnum völundarhúsið, yfirstíga ýmsar hindranir og gildrur og safna ýmsum gagnlegum hlutum. Eftir að hafa hitt andstæðinga þarftu að nota bardagahæfileika hetjunnar til að eyða honum í bardaga. Um leið og óvinurinn deyr færðu stig í Pokemon Battle Labyrinth leiknum.