Í Super Mario Run ferð þú og pípulagningarmaðurinn Mario til Sveppaskógarríkisins. Geimverur vélmenni hafa ráðist inn í þetta land. Hetjan þín verður að reyna að eyða þeim. Mario mun hlaupa um staðinn og yfirstíga ýmsar hindranir og gildrur. Á leiðinni mun hann safna gullpeningum og öðrum nytsamlegum hlutum. Um leið og hann hittir vélmennið mun hann geta slegið með hamri. Þannig eyðirðu geimverunni og færð stig fyrir hana.