Hugrakkur ninjakappi féll í gildru og nú er líf hans í hættu. Þú í leiknum Ninja Jump & Run mun hjálpa hetjunni að lifa af og komast út úr honum. Hetjan þín mun þurfa að hlaupa á vettvangi sem birtast upp úr engu og snúast í geimnum. Þau verða öll aðskilin með ákveðinni fjarlægð. Því hleypur ninjan upp á brún eins palls og þarf að hoppa og fljúga í gegnum loftið til að finna sjálfan sig á öðrum palli.